Ilyen előzmények után indult meg az 1934/35-es tanév második félévében, február 15-én a Stomatologia tantárgy elméleti és gyakorlati oktatása. A tanév befejeztével önálló működési körrel ruházták fel a Poliklinikát és 1935 őszén megindult a szakorvosképzés is. 1936 őszétől az egyetem központi épületének alagsorában egyetemi hallgatók ellátására fogászati rendelést indítottak be, 1937 januárjától pedig az iskolafogászati rendelés is megindult. Dr. Csilléry Andrást 1940. július 15-én egyetemi nyilvános rendes tanárrá nevezték ki.
1940. november 30-án tartották a Stomatologiai Klinika ünnepélyes megnyitóját, mely a Szemészeti Klinika oldalszárnyában kapott elhelyezést. A klinikán a professzor korszerűen felszerelt fogtechnikai laboratóriumot hozott létre, könyvtárat és múzeumot alakított ki.
1944-ben Csilléry professzor külföldre távozott. A vezető nélkül maradt klinika irányítását előbb Dr. Szabó József majd Dr. Morvay Stefánia látta el, Verzár Gyula egyetemi tanár felügyelete alatt.
1946-ban a klinika vezetésével az akkor 35 éves Dr. Adler Pétert bízták meg. Irányításával indult meg a háborús károk helyreállítása, a klinika újjászervezése. Az 1947-es esztendő fordulópont volt az ország orvosainak életében, mivel attól az évtől kötelező lett- az addig fakultatíve oktatott- Stomatologia tárgy hallgatása a magyar egyetemeken.1953. december elsején Dr. Adler Pétert egyetemi tanárrá nevezték ki, aki 1979 júniusában történt nyugdíjazásáig állt a Stomatologiai Klinika élén. Vezetése alatt (1946-79.) több mint 500 (!) közlemény, könyv, könyvrészlet, monográfia valamint disszertáció jelent meg a klinikáról.
Több tankönyvet írt, illetve magyar tankönyveket németre fordított. Tiszteletbeli tagja volt a Hallei Leopoldina Akadémiának valamint az Osztrák és Német Fogorvosi Társaságoknak. A klinika széleskörű nemzetközi kapcsolatokra tett szert. Jelentős létszám és működési terület bővülés után 1966-ban kapta meg a klinika az első, akkor korszerűnek tartott Panoramix röntgengépet. 1973-ban megtörtént a Stomato-onkológiai hálózat megszervezése.
Egyre sürgetőbbé vált a fogorvosképzés megindítása. A még mindig szűkös körülmények aligha tették lehetővé az általános orvostanhallgatók fogászati oktatása mellett a fogorvostan -hallgatók képzését. Kívánatossá vált egy új épület létesítése, s a tervek lassan körvonalazódtak. Az alapkő letételére azonban jó másfél évet még várni kellett. Közben 1976-ban Budapest, Pécs és Szeged után Debrecenben is megindult a fogorvosképzés. A fantomgyakorló az új Klinika átadásáig a Bem téren, az Orvosi Vegytani Intézet alagsorában nyert ideiglenes elhelyezést.
1979-ben nyugdíjba vonult Adler professzor, a Klinika vezetője Dr. Szentpétery József lett. Az 1979/80-as tanévben az első kilenc hallgató már klinikai gyakorlatra jelentkezett és 1980-ban a kilencfős ötödév mellé felsorakozott a 19 fős negyedév is. Újabb ideiglenes helyet biztosítottak, most már a klinikai gyakorlatok számára is, a Tüdőgyógyászati Klinika pavilonjának két helyiségében. 1981. június 20-án avattak Debrecenben először fogorvosdoktorokat.
Az 1981.08.31-én ünnepélyesen felavatták az akkor 60 millió forintos beruházásból épült, 2000 négyzetméter alapterületű intézményt, hazánkban a második olyan épületet, melyet úgy terveztek, hogy az a fogorvosképzés céljait szolgálja. Ugyanabban az évben a felvett fogorvostan-hallgatók létszáma harmincra emelkedett.
Szentpétery professzor 1986-ban nyugdíjba vonult, s Dr. Keszthelyi Gusztáv egyetemi tanár vette át a vezetést. Erre az időszakra esik a Szemészeti Klinika oldalszárnyában maradt Szájsebészeti Osztály teljes rekonstrukciójának befejezése.
Az új épületben megtörtént az osztályok megszervezése, a tetőtérben az előadóterem kialakítása.
1987-ben aranydiplomásokat avattak, Dr. Braun Irént (Dr. Dán Sándornét) és Dr. Gergely Lajos egyetemi docenst.
Keszthelyi professzor írta és szerkesztette a Parodontológia c. egyetemi tankönyvet. Vezetése alatt számos új diagnosztikus és gyógyító eljárás került bevezetésre. 1995-től jelentős kurrikulum reform történt, mivel már első évtől bekerültek szakma specifikus tantárgyak a fogorvostan-hallgatók tanrendjébe. 1996-ban a klinika bekapcsolódott az egyetem Ph.D. programjába is.
Ugyancsak 1996-ban két osztály (Konzerváló Fogászat és Parodontológia) – nem önálló tanszékké alakult, a spektrum később a Fogorvosi Anatómiai Tanszékkel bővült. 1996-ban a Magyar Akkreditációs Bizottság (MAB) a Debreceni Orvostudományi Egyetem Fogorvosi Szakának oktató, kutató és gyógyító munkáját kiválóra értékelte.
1999-ben újabb két nem önálló tanszék, a Fogorvosi Biokémia és a Fogorvosi Orvostani Tanszék létrehozásával megalakult a Fogorvostudományi Intézet. 2000-ben újabb négy tanszék jött létre: a Fogpótlástani Tanszék, Fogorvosi Műtéttani Koordináló Tanszék, a Fogorvosi Élettani és Gyógyszertani Tanszék valamint a Fogorvosi Mikrobiológiai és Pathologiai tanszék. A 9 új tanszék megalakulása jelentősen javította a képzés minőségét és a karrá alakulás szükségességét húzta alá.
2000. július 1-jén Dr. Márton Ildikó egyetemi docenst nevezték ki a Fogorvostudományi Intézet élére. Vezetésével folytatódtak a már megkezdett kurrikulum reform és akkreditációs eljárások.Az oktatás fejlesztése terén az 1996-ban megkezdett kurrikulum fejlesztési folyamat eredményeként, a 2002-ben az EU által szervezett TAIEX látogatás megállapította, hogy a kiadott fogorvosdoktori diploma minden tekintetben megfelel az európai elvárásoknak. Ugyanebben az évben készült el a Fogorvostudományi Kar akkreditációs beadványa.
A 2000/2001-es tanévben további igen jelentős fejlődés vette kezdetét. Az Általános Orvostudományi Kar többéves és elismert angol nyelvű általános orvosképzésének hagyományait követve, a Fogorvostudományi Intézetben is megkezdődött az angol nyelvű fogorvosképzés. Az első végzős évfolyam a 2004/2005-ös tanévben államvizsgázott.
A Kormány 2003. február 19-i rendeletének értelmében a Debreceni Egyetem Fogorvostudományi Intézet 2003. szeptember 1-i hatállyal Fogorvostudományi Karrá alakult. A karrá történő átalakulás igen jelentős eredmény, mivel közel 50 év elteltével a Budapesti Fogorvostudományi Kar megalakulását követően, Debrecenben alakult meg az ország második önálló Fogorvostudományi Kara. Az EszCsM rendelete alapján 2004. január 1-től a fogorvosi diploma önálló fogorvosi tevékenység végzésére ad lehetőséget.
2004. február 12-én átadásra került a Fogorvostudományi Kar új, négyszintes épülete. A 4200 négyzetméteres épületkomplexummal a kezelőegységek száma 65-re bővült. Az épületben három szemináriumi terem és egy 100 fős tanterem segíti az elméleti oktatást.
A MAB 2006. évi párhuzamos akkreditációs eljárása keretében a Karon folyó fogorvosképzést feltétel nélkül akkreditálhatónak értékelte, valamint a „Kiválósági hely” cím odaítélésére érdemesnek találta, ami nagy eredménynek tekinthető.
2006-ban a Szájsebészeti Osztály, Arc –Állcsont- és Szájsebészeti Tanszékké alakult, a Gyermekfogászati és Fogszabályozási osztályok egyesítésével pedig létrejött a Gyermekfogászati és Fogszabályozási Tanszék, hatékonyabbá téve az oktató és tudományos munkát.
A Kar az esélyegyenlőség megteremtését célul tűzve kívánja megvalósítani a speciális törődést igénylők, elsősorban a fogyatékkal élő gyermekek és daganatos betegek ellátását. Erre és a képzés további bővítésére nyílik lehetőség a 2012-re elkészült új Dento-alveoláris, Maxillofaciális részlegekben és fogászati kezelő helyiségekben.
A Kar már korábban is részt vett az egyetemen működő Multidiszciplináris Orvostudományok Doktori Iskola Fogorvostudományi Kutatások akkreditált programjában. 2010-től már az önálló Fogorvostudományi Doktori Iskola ad lehetőséget a tudományos kutatásra.